睾丸中与减数分裂前生殖细胞相关的组蛋白，被过渡蛋白置换后，再被鱼精蛋白所置换。后者带有较多的电荷并富含巯基，这些巯基可使基因和染色体排列更加紧密，可以在精子通过男性和女性生殖道及穿卵过程时起到保护作用，使基因不至于丢失。若在男性体内这种置换尚未完成，所射出的精子中就仍存在组蛋白。由于组蛋白可被苯胺兰染色，所以这种染色细胞的百分率，就可以反映出精子中染色质的异常程度。组蛋白在形态异常的精子中比例很高，并与IVF成功率呈负相关。丫啶橙是一种能与核酸碱基作用的荧光染料，故丫啶橙染色程度也可以被认为是生育的标志。

附睾运转中染色质浓缩的变化，取自附睾远端的精子中，苯胺兰染色精子的百分率下降，说明硫基氧化后使组蛋白被置换，导致染料着色减弱。丫啶橙细胞染色程度也同样下降，表明成熟过程中构象的变化降低了染色质的染色。在附睾头部精子中已证实有20%的精子有成熟的核，而在尾部上升至80%。

附睾参与染色质的浓缩的发育，附睾中控制染色质的浓缩的因素包括时间依赖、独立于附睾物质的氧化(在体外储存中已显示出)，及限制体内氧化程度的未暴露酶的还原活性。这也与二硫键有关，能使二硫键稳定，以限制全部巯基氧化。

进人卵细胞后，精子启动至少3个供应非遗传物质的非参与生殖过程，但它们是受精所必需的。包括精子组分(精子相关的卵细胞活化因子SOAF),它是启动后续的卵子中钙离子波动所必需的，钙离子增加可以阻止多精子进人卵细胞。它诱导卵细胞皮质腺酶释放，以产生透明带蛋白的修饰，使透明带固化，不再结合精子。融合皮质腺酶产生的卵细胞的自发变化，阻止卵子周围的其他精子再与卵子融合。减数分裂活化因子的传递(可能是类固醇)克服了卵子的有丝分裂抑制因子，并允许第二极体的排出，形成雌性原核。精子中心粒细胞架结构的组织是两个新核形成的新个体第一次有丝分裂形成纺锤体所必需的。

在附睾远端手术获得的精子在体内有较高的存活率，也反映了精子在女性生殖道内有更好的生存能力。辅助生育技术提供的大量证据表明，虽然近附睾与睾丸内未成熟精子接近，或进入卵细胞时都能使卵细胞受精，但与发生受精的机会及受精卵发育至妊娠时，随着精子通过附睾的路径呈正相关。这就是说，取自附睾远端的精子其受孕率会更高，也就是说，配子反应的前后的事件仍受附睾的影响，但目前我们对这些过程的了解仍然甚少。

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