巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，病因尚不是很清楚。目前关于病因的学说有：异位种植学说，在位内膜决定论，体腔上皮化生等。目前“内膜异位种植学说”最受推崇，主要说的是，子宫内膜随月经血逆流至盆腔部位种植、生长。若流到盆腔的子宫内膜细胞种植到卵巢上，受到卵巢周期性激素的影响，每月也发生月经样的出血，但血液由于卵巢包膜无法排出，时间长了便形成囊肿。每月的出血长期沉积在囊肿中，质地粘稠，颜色变为巧克力色，便形成了“巧克力囊肿”。
巧克力囊肿会导致不孕不育吗？
卵巢“巧克力囊肿”与不孕的关系并不明确，有的女性可能自然怀孕，并不影响生育，似乎囊肿并不一定导致不孕，有的报道，内异症合并不孕的发生率约30%～50%。因此由“巧囊”的不孕女性，还需要检查其它不孕的原因。
在过去数年里，对卵巢子宫内膜异位症患者，通常建议进行手术治疗，旨在尽量去除病灶。如果巧囊复发，有的医生还是建议手术。然而最近研究表明，手术切除卵巢子宫内膜异位囊肿，可能降低卵巢储备功能。因此长期以来，有关卵巢子宫内膜异位囊肿的治疗方法仍存在争议。
巧克力囊肿合并不孕症应该怎么办？
首先按照不孕的诊疗路径进行全面的不孕症检查，排除其他不孕因素后，可选择腹腔镜手术探查+治疗。腹腔镜手术可提高患者的妊娠率，明确内异症诊断，对内异症的严重程度以及不孕的预后进行评估，有助于决定相应的生育指导。
卵巢子宫内膜异位症伴不孕，应当进行个体化治疗。目前尚无明确证据表明手术是帮助这类患者怀孕的唯一手段。但是，如果患者存在痛经和盆腔痛症状，则有充分理由进行手术治疗。
巧克力囊肿会导致不孕不育吗？
手术首选囊肿剔除术，尽可能去除内异病灶，减少复发率、提高患者术后妊娠率。当然考虑到对患者卵巢功能的保护，手术医生在尽可能完整剥除囊肿同时，会尽可能保护正常卵巢组织。
术后处理主要依据年龄、术中对内异症类型、分期(r-AFS)情况和生育指数(EFI)评估，选择期待治疗、或/和药物、辅助生育技术助孕。通常对于I～II期的内异症（通常不合并有“卵巢巧囊”），年轻，卵巢功能良好，不孕年限不长（<3年）可以期待或采用宫腔内人工授精助孕；如果评估为III～IV期的异位症，一般都合并“卵巢巧囊”，通常会建议用GnRH激动剂降调一段时间后，采用试管婴儿助孕。这是直奔主题，采用成功率最高的助孕方法。
